我国对耕地实行特殊保护的具体措施包括：
　　（1）在体制上，国家成立了国土资源部，地方各级人民政府设立了土地行政主管部门，统一负责土地的管理和监督工作，改变了原来上下级土地管理部门之间的业务指导关系，确定国土资源部对省级人民政府国土资源主管部门实行业务领导，省级人民政府国土资源主管部门主要领导干部的任免，需征得国土资源部的同意。同时为地方改革土地管理体制留下了法律空间。通过改革土地管理体制，为保证中央关于耕地保护的政策和措施的落实提供了组织保障。
　　（2）在机制上，通过明确土地利用总体规划与城市总体规划、村庄和集镇规划的关系，确立土地利用总体规划的法律地位，对土地用途实行管制制度，尤其是对农地转用实行严格审批以及通过增加新增建设用地成本（如对占用耕地征收耕地占用税、对新增建设用地征收土地有偿使用费等）和降低存量建设用地的使用成本等经济手段，建立占用耕地的调控机制。
　　（3）在法制上，明确规定了对违法占用土地和非法批地的行政处罚措施，同时在新修订的《刑法》中规定：“违反土地管理法规，非法占用耕地改作他用，数量较大，造成耕地大量毁坏的，处五年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金”，“国家机关工作人员徇私舞弊，违反土地管理法规，滥用职权，非法批准征用、占用土地，或者非法低价出让国有土地使用权，情节严重的，处三年以下有期徒刑或者拘役；致使国家或者集体利益遭受特别重大损失的，处三年以上七年以下有期徒刑”，把耕地纳入了刑法的保护范围。
　　（4）在管理上，国家依法建立了基本农田保护区制度，要求各地要按照土地利用总体规划划定基本农田保护区，各省、直辖市、自治区划定的基本农田要占本行政区域内耕地的80％以上。国家实行占用耕地补偿制度，禁止占用耕地建窑、建坟或者擅自在耕地上建房、挖砂、采石、采矿、取土；禁止占用基本农田发展林果业和挖塘养鱼；禁止闲置、荒芜耕地。