原《土地管理法》第53条规定，侵犯土地的所有权或者使用权的，由县级以上地方人民政府土地管理部门责令停止侵犯，赔偿损失。在修改《土地管理法》的过程中，国务院以及全国人大常委会法工委都认为，土地侵权案件从法律性质看，属于平等主体的民事案件，当事人应当直接向人民法院起诉，土地行政主管部门没有必要先给予行政处理。根据新《土地管理法》，土地侵权案件由人民法院处理。